Дар экспедиции Кука

11 ноября 1818 г. под главенством академика X. Д. Френа выделяется в Кунсткамере собрание восточных медалей, рукописей и книг под названием Восточного кабинета, который сразу же получил второе, ставшее более распространенным наименование — Азиатский музей. В 1824 г. под надзор ботаника К. А. Трнниуса передаются из Натуркамеры все ботанические коллекции и книги по ботанике, которые образуют ботанический отдел, 10 ноября 1825 г. учреждается Египетский кабинет, или Египетский музеум, под который специально расписываются египетским орнаментом комнаты в первом этаже восточного крыла Кунсткамеры. Смотрителем Египетского музея стал академик Грефе.

Уже после смерти Озерецковского, с 1831 по 1836 г., решались судьба Кунсткамеры и будущее родившихся в ее недрах научных центров. С запозданием идеи академика Озерецковского воплощались в жизнь. То здание, которое сегодня с Таможенного переулка и со стороны Менделеевской линии обрамляет белоколонный дворец — главный корпус Академии наук, начало строиться в 1826 г. и было закончено в 1831 г.; в нем предполагалось разместить академическую типографию, но первым туда въехал зоологический отдел — Зоологический музей Кунсткамеры, который с того же 1831 г. возглавил академик Ф. Ф. Брандт. В 1835 г. в этот же корпус, получивший название музейного флигеля, переехал ботанический отдел, а также отдел сравнительной анатомии, вошедший в состав Зоологического музея на правах подотдела. В старом здании оставались отделы (музеи) азиатский, египетский, этнографический и кабинет Петра I.

Окончательное разделение Кунсткамеры или, точнее, выделение из ее недр семи самостоятельных академических учреждений произошло в 1836 г., когда в «Уставе и штатах Императорской Санкт-Петербургской Академии Наук» были записаны в качестве самостоятельных учреждений: Минералогический музей, Ботанический музей, Зоологический и Зоотомический музей, Азиатский музей, Нумизматический музей, Египетский музей и Этнографический музей. В штатах музеев предусматривались как научные, так и научно-технические сотрудники. Разместившись в двух соседних зданиях, все семь новых музеев в том же 1836 г. открыли свои экспозиции для посетителей.

Вышедшие из недр Кунсткамеры семь новых академических музеев либо положили начало современным академическим институтам нашей страны, либо вошли важной составной частью в музеи, существующие и поныне. Минералогический музей стал основой современного Минералогического музея АН России (Москва). Ботанический музей — важная часть музейных собраний Ботанического института АН России. На базе Зоологического музея возник Зоологический институт АН России и его музей. После передачи вещевых коллекций Азиатского музея Этнографическому на базе оставшихся рукописных и книжных собраний возник Институт востоковедения АН России. Коллекции Нумизматического музея вошли в состав соответствующих коллекций Государственного Эрмитажа и Этнографического музея. Также между Эрмитажем и Этнографическим музеем были поделены коллекции Египетского музея. Кабинет Петра I — основа современной Петровской галереи Государственного Эрмитажа. На базе Этнографического музея возникли Музей антропологии и этнографии имени Петра Великого АН России и Институт этнографии имени Н. Н. Миклухо-Маклая АН России.

Музей антропологии и этнографии явился наследником не только первых вещевых этнографических коллекций, но и самого здания Кунсткамеры. Среди его коллекций уникальные собрания, присланные в прежнюю Кунсткамеру из дальних русских колоний в Америке посланцем Академии Ильей Гавриловичем Вознесенским. Его собирательская деятельность не только обогатила музей, но и способствовала распространению этнографических знаний в нашей стране, утверждению этнографии как науки во второй половине XIX в.